Документирование набора данных с помощью roxygen2

Я пытаюсь документировать некоторые наборы данных в R-пакете с помощью roxygen2. Рассматривая только один из них:

  • У меня есть mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
  • который содержит объект с именем CpG.human.GRCh37

  • и файл с именем: mypkg/R/cpg-data.R, который содержит:

    #' @name CpG.human.GRCh37
#' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19
#' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands,
#' with coordinates based on the GRCh37 / hg19 genome build.
#' @docType data
#' @usage CpG.human.GRCh37
#' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.
#' @source UCSC Table Browser
#' @author Mark Cowley, 2012-03-05
#' @export
NULL

Когда я roxygenize, он создается mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd, содержащий:

    \docType{data}
    \name{CpG.human.GRCh37}
    \alias{CpG.human.GRCh37}
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19}
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.}
    \source{
      UCSC Table Browser
    }
    \description{
      This data set list the genomic locations of human CpG
      islands, with coordinates based on the GRCh37 / hg19
      genome build.
    }
    \author{
      Mark Cowley, 2012-03-05
    }
    \usage{CpG.human.GRCh37}
    \keyword{datasets}

и export(CpG.human.GRCh37) добавляется файл NAMESPACE.

но когда я R CMD CHECK, я получаю:

...
** testing if installed package can be loaded
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
  undefined exports: CpG.human.GRCh37
Error: loading failed
...

Нигде я не сказал R, где можно найти этот набор данных, хотя я бы предположил, что mypkg/data/<name>.RDa будет хорошим предположением. Любые подсказки были бы удивительными.

Если Хэдли наблюдает, я заметил, что раздел \use не создан и директива @usage игнорируется.

Я использую roxygen-2.2.2, на R 2.13.1

Ответы