Ответ 1
Создайте новую схему с новым пространством имен. Назовите эту "версию 2". Если вы решите поддерживать XSD версии 1 и версию 2 XSD в своем приложении, что это хорошо, но держите их отдельно и не пытайтесь сложить два друг на друга - особенно если вы пытаетесь остановить людей от использования версия 1.
Это стоит посмотреть, поскольку он описывает некоторые из того, с чем вы имеете дело: архив http://www.pluralsight.com/community/blogs/tewald/archive/2006/04/19/22111.aspx
Я понимаю, однако, что на самом деле не затрагивает ваш вопрос. Что касается "есть ли способ сделать это?" ответ "нет - не поддерживается повсеместно". Я видел, как люди добавляют свои собственные аннотации к док-тегам, чтобы дать подсказки, но это не будет общепринято для всего инструмента.
Ваш лучший выбор в долгосрочной перспективе - создать придумать историю версий для вашей схемы и сохранить версию 2 отдельно от версии 1.