Ответ 1
Нашел! Если вы нажмете кнопку "Ссылка с редактором" (кнопка, которая имеет стрелку влево по стрелке вправо) в Project Explorer, она расширяет дерево в проводнике проекта до файла, который вы сейчас редактируете. Это кнопка переключения, и ее состояние сохраняется при закрытии Eclipse. Поэтому, когда вы открываете его, ваш исследователь проекта расширяется до открытого в данный момент файла.