Ответ 1
Вам нужно создать дочернее приложение. В вашей конфигурации создан дочерний виртуальный каталог. Конфигурация ниже включает /SubFolderApp в приложение.
<site name="WebSite1" id="1" serverAutoStart="true">
<application path="/" applicationPool="Clr2IntegratedAppPool">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="%IIS_SITES_HOME%\WebSite1" />
</application>
<application path="="/SubFolderApp" applicationPool="Clr2IntegratedAppPool">
<virtualDirectory path="/" physicalPath="%IIS_SITES_HOME%\WebSite1\SubFolderApp" />
</application>
<bindings>
<binding protocol="http" bindingInformation=":80:localhost" />
</bindings>
</site>