Тепловая карта со значениями (ggplot2)

Я видел тепломассы со значениями, сделанными в различных графических системах R, включая решетку и базу следующим образом:

enter image description here

Я склонен немного использовать ggplot2 и хотел бы иметь возможность сделать карту нагрева с соответствующими значениями ячейки, нанесенными на график. Здесь тепловое отображение и попытка с использованием geom_text:

library(reshape2, ggplot2)
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
dat2 <- melt(dat, id.var = "X1")
p1 <- ggplot(dat2, aes(as.factor(Var1), Var2, group=Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") 
p1

#attempt
labs <- c(apply(round(dat[, -2], 1), 2, as.character))
p1 +  geom_text(aes(label=labs), size=1)

Обычно я могу определить значения x и y для передачи, но я не знаю в этом случае, так как эта информация не сохраняется в наборе данных. Как разместить текст на тепловой карте?

Ответы

Ответ 1

Это обновлено, чтобы соответствовать принципам tidyverse и улучшить плохое использование ggplot2

В комментарии SlowLeraner я легко мог это сделать:

library(tidyverse)

## make data
dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)

## reshape data (tidy/tall form)
dat2 <- dat %>%
    tbl_df() %>%
    rownames_to_column('Var1') %>%
    gather(Var2, value, -Var1) %>%
    mutate(
        Var1 = factor(Var1, levels=1:10),
        Var2 = factor(gsub("V", "", Var2), levels=1:10)
    )

## plot data
ggplot(dat2, aes(Var1, Var2)) +
    geom_tile(aes(fill = value)) + 
    geom_text(aes(label = round(value, 1))) +
    scale_fill_gradient(low = "white", high = "red")

введите описание изображения здесь

Ответ 2

Существует еще один более простой способ составления тепловых карт со значениями. Для этого вы можете использовать pheatmap.

dat <- matrix(rnorm(100, 3, 1), ncol=10)
names(dat) <- paste("X", 1:10)
install.packages('pheatmap') # if not installed already
library(pheatmap)
pheatmap(dat, display_numbers = T)

Это даст вам такой сюжет, как этот

Heatmap with values

Если вы хотите удалить кластеризацию и использовать свою цветовую схему, вы можете сделать

pheatmap(dat, display_numbers = T, color = colorRampPalette(c('white','red'))(100), cluster_rows = F, cluster_cols = F, fontsize_number = 15)

heatmap without clustering and red white colors

Вы также можете изменить размер шрифта, формат и цвет отображаемых чисел.