Ответ 1
Из справочных страниц Eclipse EGit,
Вероятно, не рекомендуется делать проект корневой папкой вашего репозитория
Причина в том, что вы никогда не сможете добавить еще один проект в этот репозиторий, так как файл .project будет занимать корневую папку; вы все равно можете добавлять проекты в виде подпапок, но, как известно, такое вложение проектов вызывает множество проблем повсюду. Чтобы добавить другой проект, вам нужно будет переместить проект в подпапку в репозитории и добавить второй проект в качестве другой подпапки, прежде чем вы сможете зафиксировать это изменение.
Дополнительная информация
Это хорошая идея сохранить ваш репозиторий вне рабочего пространства Eclipse
Для этого есть несколько причин:
Новый репозиторий будет рассматривать полную структуру папок рабочего пространства Eclipse как (потенциальный) контент. Это может привести к проблемам с производительностью, например, при расчете изменений перед фиксацией (например, сканирование полной папки метаданных); чаще всего рабочая область будет содержать мертвые папки (например, удаленные проекты), которые семантически не относятся к EGit, но не могут быть легко исключены.
Папка метаданных (.git-) будет дочерним элементом рабочей области Eclipse. Неясно, может ли это привести к нежелательным перемещениям по Eclipse.
Вы можете легко уничтожить свой репозиторий, уничтожив рабочее пространство Eclipse