Прочитайте несколько файлов CSV в отдельных кадрах данных

Предположим, что у нас есть файлы file1.csv, file2.csv,... и file100.csv в каталоге C:\R\Data, и мы хотим прочитать их все в отдельных кадрах данных (например, file1, file2,..., и file100).

Причиной этого является то, что, несмотря на наличие похожих имен, у них есть разные файловые структуры, поэтому не так полезно иметь их в списке.

Я мог бы использовать lapply, но возвращает единственный список, содержащий 100 фреймов данных. Вместо этого я хочу, чтобы эти фреймы данных в глобальной среде.

Как я могу прочитать несколько файлов непосредственно в глобальной среде? Или, альтернативно, как мне распаковать содержимое списка фреймов данных?

Ответы

Ответ 1

Быстрый проект, непроверенный:

  • Используйте list.files() aka dir() для динамического создания списка файлов.

  • Возвращает вектор, просто пробегает вектор в цикле for.

  • Прочитайте i-й файл, затем используйте assign(), чтобы поместить содержимое в новую переменную file_i

Это должно сделать трюк для вас.

Ответ 2

Спасибо всем за ответ.

Для полноты здесь представлен мой окончательный ответ для загрузки любого количества файлов с разделителями (tab), в этом случае с 6 столбцами данных каждый, где столбец 1 является символом, 2 является фактором и остаточным числом:

##Read files named xyz1111.csv, xyz2222.csv, etc.
filenames <- list.files(path="../Data/original_data",
    pattern="xyz+.*csv")

##Create list of data frame names without the ".csv" part 
names <-substr(filenames,1,7))

###Load all files
for(i in names){
    filepath <- file.path("../Data/original_data/",paste(i,".csv",sep=""))
    assign(i, read.delim(filepath,
    colClasses=c("character","factor",rep("numeric",4)),
    sep = "\t"))
}

Ответ 3

Используйте assign с символьной переменной, содержащей нужное имя вашего фрейма данных.

for(i in 1:100)
{
   oname = paste("file", i, sep="")
   assign(oname, read.csv(paste(oname, ".txt", sep="")))
}

Ответ 4

не делать. Держите их как список. Это путь.

Ответ 5

Вот способ распаковать список data.frames, используя только lapply

filenames <- list.files(path="../Data/original_data",
                        pattern="xyz+.*csv")

filelist <- lappy(filenames, read.csv)

#if necessary, assign names to data.frames
names(filelist) <- c("one","two","three")

#note the invisible function keeps lapply from spitting out the data.frames to the console

invisible(lapply(names(filelist), function(x) assign(x,filelist[[x]],envir=.GlobalEnv)))

Ответ 6

Этот ответ предназначен как более полезное дополнение к ответу Хэдли.

В то время как OP специально хотел, чтобы каждый файл считывался в свое рабочее пространство R как отдельный объект, многие другие люди, наивно приземляющиеся по этому вопросу, могут подумать, что это то, что они хотят делать, когда на самом деле им будет лучше читать файлы в один список кадров данных.

Итак, для записи, вот как вы можете это сделать.

#If the path is different than your working directory
# you'll need to set full.names = TRUE to get the full
# paths.
my_files <- list.files("path/to/files")

#Further arguments to read.csv can be passed in ...
all_csv <- lapply(my_files,read.csv,...)

#Set the name of each list element to its
# respective file name. Note full.names = FALSE to
# get only the file names, not the full path.
names(all_csv) <- gsub(".csv","",
                       list.files("path/to/files",full.names = FALSE),
                       fixed = TRUE)

Теперь на любой из файлов можно ссылаться на my_files[["filename"]], что на самом деле не намного хуже, просто имея отдельные переменные filename в вашей рабочей области, и часто это гораздо удобнее.

Ответ 7

Простым способом доступа к элементам списка из глобальной среды является attach список. Обратите внимание: это фактически создает новую среду в пути поиска и копирует в нее элементы вашего списка, поэтому вы можете удалить исходный список после прикрепления, чтобы не плавать вокруг двух потенциально разных копий.

Ответ 8

Чтение всех файлов CSV из папки и создание ватронов аналогично именам файлов:

setwd("your path to folder where CSVs are")

filenames <- gsub("\\.csv$","", list.files(pattern="\\.csv$"))

for(i in filenames){
  assign(i, read.csv(paste(i, ".csv", sep="")))
}

Ответ 9

#copy all the files you want to read in R in your working directory
a <- dir()
#using lapply to remove the".csv" from the filename 
for(i in a){
list1 <- lapply(a, function(x) gsub(".csv","",x))
}
#Final step 
for(i in list1){
filepath <- file.path("../Data/original_data/..",paste(i,".csv",sep=""))
assign(i, read.csv(filepath))
}