Ответ 1
Хороший вопрос (+1) - можно подумать, что это должно быть возможно как-то...
Выглядит немного ближе, хотя показывает, что наблюдаемое поведение публикации на самом деле не является особенностью технологии ClickOnce, а скорее из мастера публикации Visual Studio - см., например, раздел ClickOnce опубликовать структуру папок в Процесс публикации ClickOnce:
Если вы вручную создаете или обновляете публикацию приложения ClickOnce с помощью Mage или настраиваемого инструмента, , вы не ограничены этой папкой и файловой структурой. Для любой конкретной публикации ClickOnce цепочка зависимостей включает в себя следующее: [...] [акцент мой]
Пошаговое руководство: вручную развертывание приложения ClickOnce дает тот же вывод, то есть структура папок, используемая VS, является просто (разумным) соглашением/подход.
К сожалению, мастер публикации VS не предлагает удалять старые версии, по крайней мере, он нигде не виден и не документирован. Однако, учитывая, что результирующая структура папок является всего лишь артефактом процесса сборки, вы можете также добавить шаг пользовательской сборки, выполнив именно это - выяснение деталей (т.е. доступ к свойствам автоматизации VS для получения последней опубликованной версии и т.д.) вне сферы вашего вопроса, хотя;)
Относительно вашего дополнительного вопроса:
Я надеюсь, что удаление старых каталогов не должно быть проблемой.
Определенно, это не проблема, это зависит от того, сколько из них вы хотите сохранить для операций отката в конце концов, см., например, Можно ли удалить предыдущие старые версии из публикации Location, созданной ClickOnce?