Ответ 1
Использовать элемент Directory с идентификатором AppDataFolder:
<Directory Id="AppDataFolder">
<Directory Id="MyAppFolder" Name="My">
<Component Id="MyComponent">
<File Source="Files\test1.txt" />
</Component>
</Directory>
</Directory>
Это приведет к установке test1.txt в C:\Users\username\AppData\Roaming\My в Windows 7 и в C:\Documents and Settings\username\Application Data\My в Windows XP.
MSDN имеет список свойств, который можно использовать для ссылки на специальные папки.