Ответ 1
Doxygen будет проверять файлы .dox по умолчанию. Таким образом, вы можете создать файл с именем "mainpage.dox" и разместить там главную страницу:
/**
\mainpage The mainpage documentation
This is a simple example of a mainpage you can create yourself.
Place this inside of a file called `mainpage.dox` and use doxygen.
If you specified `INPUT` or `FILE_PATTERNS` in your Doxyfile please
add `.dox` to your file patterns or `mainpage.dox` to your INPUT files.
*/
В проекте должен быть только один \mainpage (см. Doxygen: несколько \mainpage блоков в проекте С++).