Ответ 1
Сам Eclipse будет установлен там, где вы распаковали загруженный файл. Этот каталог содержит Eclipse.app, configuration/, plugins/ и features/ (среди прочих).
Ваш каталог workspace/ (в вашем домашнем каталоге по умолчанию) содержит все ваши проекты и различные настройки, в workspace/.metadata/ (см. файлы точек, если вы хотите посмотреть). Удаление рабочей области, конечно, приведет к удалению ваших собственных файлов проекта, поэтому вам нужно будет убедиться, что у вас есть способ восстановить их из чистой версии (например, из системы управления версиями, если вы ее используете).
Если вы не хотите удалять всю рабочую область, возможно, стоит переместить ее, а затем скопировать проекты обратно, оставив новый workspace/.metadata/ clean, чтобы убедиться, что эта проблема устранена.