Ответ 1
Вы можете сделать это с помощью условных конструкций, отредактировав файл проекта напрямую (VS IDE не сделает этого для вас).
Например, вы можете сделать что-то подобное с помощью элемента "Выбрать":
<Project xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003" >
<PropertyGroup>
<!-- ... -->
</PropertyGroup>
<Choose>
<When Condition=" '$(Configuration)'=='Debug' ">
<ItemGroup>
<ProjectReference Include="..\stuff\MyStuff.csproj">
<Project>{4c7bbe47-8d84-45d4-95f0-f640ba59563c}</Project>
<Name>MyStuff</Name>
</ProjectReference>
</ItemGroup>
</When>
<When Condition=" '$(Configuration)'=='Retail' ">
<ItemGroup>
<Reference Include="MyStuff.dll" />
</ItemGroup>
</When>
</Choose>
<!-- Rest of Project -->
</Project>
MSDN имеет дополнительную информацию об использовании условных конструкций.