Добавьте строки ошибок, чтобы показать стандартное отклонение на графике в R

Для каждого значения X вычислено среднее значение Y и стандартное отклонение (sd) каждого значения Y

x  = 1:5
y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
sd = c(0.1, 0.3, 0.2, 0.2, 0.4)

plot (x, y)

Как я могу использовать стандартное отклонение для добавления баров ошибок к каждому набору данных моего сюжета?

Ответы

Ответ 1

Возникает проблема с решением csgillespie, когда у вас есть логарифмическая ось X. У вас будет другая длина маленьких баров справа и слева (эпсилон следует за значениями x).

Вам лучше использовать функцию errbar из пакета Hmisc:

d = data.frame(
  x  = c(1:5)
  , y  = c(1.1, 1.5, 2.9, 3.8, 5.2)
  , sd = c(0.2, 0.3, 0.2, 0.0, 0.4)
)

##install.packages("Hmisc", dependencies=T)
library("Hmisc")

# add error bars (without adjusting yrange)
plot(d$x, d$y, type="n")
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=T, pch=1, cap=.1)
)

# new plot (adjusts Yrange automatically)
with (
  data = d
  , expr = errbar(x, y, y+sd, y-sd, add=F, pch=1, cap=.015, log="x")
)

Ответ 2

Решение с ggplot2:

qplot(x,y)+geom_errorbar(aes(x=x, ymin=y-sd, ymax=y+sd), width=0.25)

enter image description here

Ответ 3

Вы можете использовать segments, чтобы добавить бары в базовой графике. Здесь epsilon управляет строкой по верхней и нижней части строки.

plot (x, y, ylim=c(0, 6))
epsilon = 0.02
for(i in 1:5) {
    up = y[i] + sd[i]
    low = y[i] - sd[i]
    segments(x[i],low , x[i], up)
    segments(x[i]-epsilon, up , x[i]+epsilon, up)
    segments(x[i]-epsilon, low , x[i]+epsilon, low)
}

Как указывает @thelatemail, я действительно должен использовать векторизованные вызовы функций:

segments(x, y-sd,x, y+sd)
epsilon = 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

enter image description here

Ответ 4

В дополнение к ответу @csgillespie, segments также может использоваться для такого рода вещей:

plot (x, y, ylim=c(0,6))
segments(x,y-sd,x,y+sd)
epsilon <- 0.02
segments(x-epsilon,y-sd,x+epsilon,y-sd)
segments(x-epsilon,y+sd,x+epsilon,y+sd)

enter image description here

Ответ 5

Вы можете использовать arrows:

arrows(x,y-sd,x,y+sd, code=3, length=0.02, angle = 90)