Ответ 1
В нашем проекте у нас есть модульные тесты внутри каждого пакета, как и ваш случай, и тесты интеграции, системные тесты, как отдельный пакет на верхнем уровне, например:
package_1/
__init__.py
module_1.py
module_n.py
test/
__init__.py
test_module_1.py
test_module_n.py
package_n/
__init__.py
module_1.py
module_n.py
test/
__init__.py
test_module_1.py
test_module_n.py
systemtest/
__init__.py
systemtest_1.py
systemtest_n.py
Я бы использовал это соглашение, даже если у вас есть только один пакет в проекте. Однако я не уверен, является ли это стандартным соглашением или нет.