Установка lapack для numpy

Запуск Ubuntu 11.10 + python2.7... встроенный numpy из источника и установил его, но когда я его установлю, я получаю

ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3gf: undefined symbol: ATL_chemv

когда он пытается импортировать lapack_lite из numpy.linalg. Я попытался перестроить ярлык с нуля, но, похоже, он просто делает

/usr/local/lib/libblas.a
/usr/local/lib/liblapack.a
/usr/local/lib/libtmglib.a

и .so файл. Откуда берется .so.3gf и как его исправить?

Ответы

Ответ 1

У меня была такая же проблема, и удаление пакета libopenblas-base делало трюк:

sudo apt-get remove libopenblas-base

Как уже объяснялось другими, несколько пакетов предоставляют несовместимые версии liblapack.so.3gf.

Ответ 2

В соответствии с некоторыми ошибками, которые я вижу вокруг, у вас может быть установлено несколько поставщиков BLAS/ATLAS/LAPACK, таких как ATLAS и OpenBLAS/GotoBLAS, которые конфликтуют друг с другом. Посмотрите на это:

$ ls -l /etc/alternatives/*.so.3gf

и убедитесь, что все они соответствуют одному и тому же пакету (например, все они указывают на /usr/lib/atlas-base/)

Ответ 3

Эта проблема возникает, если у вас установлены libopenblas-base и libatlas3-base, но не установлены liblapack3. Эта комбинация пакетов устанавливает конфликтующие версии libblas.so (из OpenBLAS) и liblapack.so (из ATLAS).

Решение 1 (мой любимый): вы можете оставить OpenBLAS и ATLAS на своем компьютере, если вы также установите liblapack3.

sudo apt-get install liblapack3

Решение 2. Удалите ATLAS (это фактически установит liblapack3 для вас автоматически из-за некоторых shenanigans пакета deb)

sudo apt-get uninstall libatlas3-base

Решение 3. Удалите OpenBLAS

sudo apt-get uninstall libopenblas-base

Плохая конфигурация

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/__init__.py", line 153, in <module>
    from . import add_newdocs
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/add_newdocs.py", line 13, in <module>
    from numpy.lib import add_newdoc
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/__init__.py", line 18, in <module>
    from .polynomial import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/polynomial.py", line 19, in <module>
    from numpy.linalg import eigvals, lstsq, inv
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/__init__.py", line 50, in <module>
    from .linalg import *
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/numpy/linalg/linalg.py", line 29, in <module>
    from numpy.linalg import lapack_lite, _umath_linalg
ImportError: /usr/lib/liblapack.so.3: undefined symbol: ATL_chemv

Решение 1

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

Решение 2

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  liblapack3                                            3.5.0-2ubuntu1                                      amd64        Library of linear algebra routines 3 - shared version
ii  libopenblas-base                                      0.2.8-6ubuntu1                                      amd64        Optimized BLAS (linear algebra) library based on GotoBLAS2
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/lapack/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

Решение 3

$ dpkg -l | grep 'openblas\|atlas\|lapack'
ii  libatlas3-base                                        3.10.1-4                                            amd64        Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic shared
$ update-alternatives --get-selections | grep 'blas\|lapack'
libblas.so.3                   auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/libblas.so.3
liblapack.so.3                 auto     /usr/lib/atlas-base/atlas/liblapack.so.3
$ python -c 'import numpy'

Ответ 4

Попробуйте проверить LD_LIBRARY_PATH. Вы можете указать там другую версию этой библиотеки, которая не поддерживает символ, который нужен вызову numpy. У меня была такая же ситуация на моем Mac.

Но будьте осторожны, проблема может быть не видна напрямую, потому что одна библиотека может ссылаться на следующую, используя LD_LIBRARY_PATH.

Вы можете проверить, есть ли разница в следующей команде с набором LD_LIBRARY_PATH и без него (для временного удаления активной оболочки: unset LD_LIBRARY_PATH):

ldd/usr/lib/liblapack.so.3gf

В моем случае библиотеки, предоставленные программной системой ISIS, столкнулись с бортовыми библиотеками, которые требуют numpy.