Ответ 1
.gitignore приводит к тому, что git игнорирует ненужные файлы. "CVS" уже отслеживается, поэтому вы должны сначала удалить его из репозитория с помощью:
git rm -r --cached CVS
Опция --cached заставляет git оставлять рабочую копию файла неповрежденной, а не удалять ее. После этого запись в .gitignore не позволит git снова взаимодействовать с каталогом CVS.
Как мне сделать git остановить отслеживание папок CVS после того, как он решил их отслеживать?
Git никогда не "решит" отслеживать контент, он делает только то, что вы ему рассказываете. В какой-то момент вы вручную добавили его в индекс и затем перенесли его в репозиторий.