Установка пакета OS X зависит от gfortran-4.8

Я использую версию OS X devel версии R

R Under development (unstable) (2014-05-27 r65787)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

с GNU Fortran (GCC) 4.2.3 (от Саймон Саймон) и версией 5.1.1 инструментов командной строки Xcode.

При создании из исходного кода я получаю такие ошибки, как:

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
make: gfortran-4.8: No such file or directory

Я не уверен, что делать здесь. Я мог бы создать псевдоним для версии, которую я имею, но я не уверен, действительно ли это 4,8 или нет.

Спасибо,

Max

Ответы

Ответ 1

Введите эти две строки в свой терминал, прямую цитату:

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

Он загрузит вас gfortran для Mavericks (которого в данный момент отсутствует в вашей системе) и установит его в вашей системе. По крайней мере, это решило ту же проблему для меня

(Я работаю в конце 2011 года MacPro, Mavericks).

Ответ 2

Изменить: теперь я думаю, что это лучше всего сделать с помощью Homebrew:

brew reinstall gcc48 --with-fortran

Хотя я думаю, что следующая процедура будет работать, она не такая чистая. Тем не менее, я по-прежнему рекомендую настроить ~/.R/Makevars, как описано ниже.

Чтобы построить ответ на @TheBigMike, я использовал следующую процедуру для установки gfortran-4.8 наряду с homebrew, а затем настроил R, чтобы выбрать этот компилятор fortran.

Сначала загрузите и распакуйте gfortran 4.8:

su admin
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
mkdir /tmp/gfortran
tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /tmp/gfortran

Удалите псевдоним файла gfortran, который мешает homebrew:

rm /tmp/gfortran/usr/local/bin/gfortran

Установите gfortran 4.8

cp -r /tmp/gfortran/usr/local/ /usr/local

Чтобы сообщить R использовать gfortran 4.8, создайте файл с именем ~/.R/Makevars:

mkdir -p ~/.R
touch ~/.R/Makevars

Поместите следующее в ~/.R/Makevars:

FLIBS=""
F77="gfortran-4.8"
FC="gfortran-4.8"

Теперь перезапустите R. Когда R был перезапущен, все пакеты, зависящие от fortran 4.8, теперь должны работать. homebrew должен быть невозможен.

Ответ 3

Это хорошо объясняется в часто задаваемые вопросы о Rcpp, раздел 2.16. В основном вам нужно установить gfortran (homebrew install gcc или другой способ), а затем изменить Makeconf, чтобы указать FLIBS в соответствующие библиотеки fortran.

Это были шаги, которые работали для меня:

  • Установите gcc48 через homebrew

  • Убедитесь, что gfortran и gfortran-4.8 указывают на недавно установленные версии.

  • Прокомментируйте переменную FLIBS в /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf.

Шаг 3 был самым важным, поскольку он предназначен для работы с gfortran, который установлен таким образом, как @TheBigMike предложил, то есть путем загрузки и извлечения архива gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2.

Ответ 4

Я столкнулся с той же проблемой, хотя и в R Studio. Следующее сработало для меня, хотя мне пришлось переустанавливать все мои пакеты R после (примечание: переустановки заняли некоторое время и выглядели так, как будто происходило совсем немного, не зная, были ли это соответствующие шаги, используйте на свой страх и риск):

Загрузите последнюю версию R Studio и затем в терминале: brew install gcc brew update && brew reinstall r brew link --overwrite r

Ответ 5

Следующее работает для меня на OSX High Sierra и RStudio 1.1.423:

  1. Установите gcc/gfortran через Homebrew: brew install gcc
  2. Отредактируйте /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf и замените все экземпляры gfortran-4.8 на gfortran
  3. Также замените FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 на FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7 / -Lgfortran -Lquadmath -Lm.
  4. Повторите попытку установки пакета.

Ответ 6

  1. Установите gcc/gfortran через Homebrew: brew install gcc
  2. Убедитесь, что заменить его не выполняется автоматически: /Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf и заменить все экземпляры gfortran-4.8 (или любого числа) на gfortran
  3. Замените FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -Lgfortran -Lquadmath -Lm до FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7 / -Lgfortran -Lquadmath -Lm
  4. Переустановите пакет для меня - robustbase который требовался для библиотеки fpc

Ответ 7

Возможно, исправлена ​​версия RStudio (версия 0.98.1091).

Ответ 8

Получил ту же проблему и нашел выражение на сайте R cran (https://cran.ism.ac.jp/). В последней версии OSX, такой как High Sierra, некоторые необходимые библиотеки не включены, и их необходимо установить. Страница любезно объясняет это, цитируя

Важный: этот выпуск использует Clang 6.0.0 и GNU Fortran 6.1, ни один из которых не поставляется Apple. Если вы хотите скомпилировать R-пакеты из исходных текстов, вам необходимо скачать и установить эти инструменты - см. Каталог инструментов.

Я решил проблемы (не хватает gfortran и т.д.), Применив следующие два пакета, здесь.

  1. clang-6.0.0.pkg(OS X 10. 11+, подписанный, 64-разрядный) MD5-хэш: c29700c4e7b2914073ef7e741eb105bc (около 418 МБ)
  2. gfortran-6.1.pkg(OS X 10. 11+, подписанный, 64-разрядный) MD5-hash: 201026216e8b373d9cd2efc0cc474bb8 (около 73 МБ)

Ответ 9

Установка gcc через homebrew дайте мне gfortran:

brew install gcc

Тогда:

$which gfortran
/usr/local/bin/gfortran