Ответ 1
В руководстве DOT http://www.graphviz.org/pdf/dotguide.pdf на странице 4 говорится следующее:
При рисовании node s фактический размер - это больший размер запрашиваемого размера и область, необходимая для его текста label, если fixedsize = true, и в этом случае значения ширины и высоты принудительно.
Таким образом, вам просто нужно добавить fixedcize = true в ваш код