Ответ 1
.fsx предназначен для отдельных файлов, предназначенных для работы в качестве script. В частности, в файле .fsx вы можете использовать такие вещи, как #r "Foo.dll", для динамической загрузки библиотеки и #load "Foo.fsx" для загрузки другого файла script.
.fs предназначен для исходных файлов, скомпилированных как часть проекта.
.fsi предназначен для файлов подписи, они являются необязательными и описывают API соответствующего файла .fs. Подробнее здесь.