Ответ 1
Вы можете использовать тег EXCLUDE_PATTERNS в файле конфигурации:
EXCLUDE_PATTERNS = */test/*
Взято отсюда.
Игнорирование файлов в папке проекта для Doxygen
Как вы можете игнорировать файлы с помощью Doxygen аналогично Git .git/info/exclude?
Doxygen генерирует документы для меня на основе сторонних кодов, таких как Email-component и моего Git -repo, чего я не хочу. Мне нужно сохранить файлы там, где они есть.