Ответ 1
Из их документации, похоже, единственный способ добиться этого - Исключить каталог, который скроет его из дерева проектов...
Чтобы PhpStorm игнорировал выбранный каталог во время индексирования, разбора, завершения кода и т.д., нажмите кнопку "Исключена" на панели инструментов или выберите "Исключено" в контекстном меню выбора.