Поиск всех существующих функций для зависимостей пакетов?

У меня есть пакет, который я написал во время обучения R, а его список зависимостей довольно длинный. Я пытаюсь обрезать его, для двух случаев:

  • Я переключился на другие подходы, и пакеты, перечисленные в Suggests, просто не используются вообще.
  • Только одна функция из моего всего пакета зависит от данной зависимости, и я бы хотел переключиться на подход, где он загружен только при необходимости.

Существует ли автоматизированный способ отслеживания этих двух случаев? Я могу подумать о двух грубых подходах (загрузите список функций во всех зависимых пакетах и ​​автоматизируйте текстовый поиск для них через мой код пакета или загрузите функции пакета без загрузки необходимых пакетов и выполните до тех пор, пока не появится ошибка), но ни кажется особенно элегантным или надежным....

Ответы

Ответ 1

Один из способов проверки зависимостей во всех функциях - использовать байтовый компилятор, потому что он проверяет наличие функций в глобальной рабочей области и выдает уведомление, если он не находит указанную функцию.

Итак, если вы, например, используете функцию na.locf из пакета zoo в любой из ваших функций, а затем байт компилируете свою функцию, вы получите сообщение вроде этого:

Note: no visible global function definition for 'na.locf'

Чтобы правильно адресовать его для компиляции байтов, вам нужно написать его как зоопарк:: na.locf

Итак, быстрый способ протестировать все функции R в библиотеке/пакете, вы могли бы сделать что-то вроде этого (предполагая, что вы не писали вызовы другим функциям с пространством имен):

Предполагая, что ваши R файлы с функциями находятся в C:\SomeLibrary\или вложенных папках, а затем вы определяете исходный файл как C:\SomeLibrary.r или похожий, содержащий:

if (!(as.numeric(R.Version()$major) >=2 && as.numeric(R.Version()$minor) >= 14.0)) {
        stop("SomeLibrary needs version 2.14.0 or greater.")
}

if ("SomeLibrary" %in% search()) {
        detach("SomeLibrary")
}

currentlyInWorkspace <- ls()

SomeLibrary <- new.env(parent=globalenv())

require("compiler",quietly=TRUE)

pathToLoad <- "C:/SomeLibraryFiles"

filesToSource <- file.path(pathToLoad,dir(pathToLoad,recursive=TRUE)[grepl(".*[\\.R|\\.r].*",dir(pathToLoad,recursive=TRUE))])

for (filename in filesToSource) {

        tryCatch({
                suppressWarnings(sys.source(filename, envir=SomeLibrary))
        },error=function(ex) {
                cat("Failed to source: ",filename,"\n")
                print(ex)
        })
}

for(SomeLibraryFunction in ls(SomeLibrary)) {
        if (class(get(SomeLibraryFunction,envir=SomeLibrary))=="function") {
                outText <- capture.output(with(SomeLibrary,assign(SomeLibraryFunction,cmpfun(get(SomeLibraryFunction)))))
                if(length(outText)>0){
                        cat("The function ",SomeLibraryFunction," produced the following compile note(s):\n")
                        cat(outText,sep="\n")
                        cat("\n")
                }
        }
}

attach(SomeLibrary)

rm(list=ls()[!ls() %in% currentlyInWorkspace])

invisible(gc(verbose=FALSE,reset=TRUE))

Затем запустите R без предварительно загруженных пакетов и источника в C:\SomeLibrary.r

И тогда вы должны получать заметки от cmpfun для любого вызова функции в пакете, который не является частью базовых пакетов, и не имеет полностью определенного пространства имен.