Картезианский продукт Performant (CROSS JOIN) с пандами

Изначально предполагалось, что содержимое этого поста будет частью Pandas Merging 101, но из-за характера и размера содержимого, необходимого для полной отдачи этой теме, оно было перенесено в собственную QnA.

Учитывая два простых DataFrames;

left = pd.DataFrame({'col1' : ['A', 'B', 'C'], 'col2' : [1, 2, 3]})
right = pd.DataFrame({'col1' : ['X', 'Y', 'Z'], 'col2' : [20, 30, 50]})

left

  col1  col2
0    A     1
1    B     2
2    C     3

right

  col1  col2
0    X    20
1    Y    30
2    Z    50

Суммарное произведение этих фреймов может быть вычислено и будет выглядеть примерно так:

A       1      X      20
A       1      Y      30
A       1      Z      50
B       2      X      20
B       2      Y      30
B       2      Z      50
C       3      X      20
C       3      Y      30
C       3      Z      50

Каков наиболее эффективный метод вычисления этого результата?

Ответы

Ответ 1

Давайте начнем с установления ориентира. Самый простой способ решить эту проблему - использовать временный столбец "ключ":

def cartesian_product_basic(left, right):
    return (
       left.assign(key=1).merge(right.assign(key=1), on='key').drop('key', 1))

cartesian_product_basic(left, right)

  col1_x  col2_x col1_y  col2_y
0      A       1      X      20
1      A       1      Y      30
2      A       1      Z      50
3      B       2      X      20
4      B       2      Y      30
5      B       2      Z      50
6      C       3      X      20
7      C       3      Y      30
8      C       3      Z      50

Как это работает, так это то, что обоим фреймам данных назначается временный столбец "ключа" с одинаковым значением (скажем, 1). Затем merge выполняет JOIN "многие ко многим" для "ключа".

Хотя трюк "многие ко многим" работает для DataFrames разумного размера, вы увидите относительно более низкую производительность при работе с большими данными.

Более быстрая реализация потребует NumPy. Вот некоторые известные реализации NumPy 1-мерного декартового произведения. Мы можем использовать некоторые из этих эффективных решений, чтобы получить желаемый результат. Моя любимая, однако, первая реализация @senderle.

def cartesian_product(*arrays):
    la = len(arrays)
    dtype = np.result_type(*arrays)
    arr = np.empty([len(a) for a in arrays] + [la], dtype=dtype)
    for i, a in enumerate(np.ix_(*arrays)):
        arr[...,i] = a
    return arr.reshape(-1, la)  

Обобщение: CROSS JOIN для уникальных или неуникальных проиндексированных фреймов данных

отказ
Эти решения оптимизированы для DataFrames с несмешанными скалярными dtypes. Если вы имеете дело со смешанными dtypes, используйте на свой страх и риск!

Этот трюк будет работать на любом виде DataFrame. Мы вычисляем декартово произведение числовых индексов DataFrames с использованием вышеупомянутого cartesian_product, используем его для переиндексации DataFrames и

def cartesian_product_generalized(left, right):
    la, lb = len(left), len(right)
    idx = cartesian_product(np.ogrid[:la], np.ogrid[:lb])
    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([left.values[idx[:,0]], right.values[idx[:,1]]]))

cartesian_product_generalized(left, right)

   0  1  2   3
0  A  1  X  20
1  A  1  Y  30
2  A  1  Z  50
3  B  2  X  20
4  B  2  Y  30
5  B  2  Z  50
6  C  3  X  20
7  C  3  Y  30
8  C  3  Z  50

np.array_equal(cartesian_product_generalized(left, right),
               cartesian_product_basic(left, right))
True

И, по аналогии,

left2 = left.copy()
left2.index = ['s1', 's2', 's1']

right2 = right.copy()
right2.index = ['x', 'y', 'y']


left2
   col1  col2
s1    A     1
s2    B     2
s1    C     3

right2
  col1  col2
x    X    20
y    Y    30
y    Z    50

np.array_equal(cartesian_product_generalized(left, right),
               cartesian_product_basic(left2, right2))
True

Это решение может распространяться на несколько фреймов данных. Например,

def cartesian_product_multi(*dfs):
    idx = cartesian_product(*[np.ogrid[:len(df)] for df in dfs])
    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([df.values[idx[:,i]] for i,df in enumerate(dfs)]))

cartesian_product_multi(*[left, right, left]).head()

   0  1  2   3  4  5
0  A  1  X  20  A  1
1  A  1  X  20  B  2
2  A  1  X  20  C  3
3  A  1  X  20  D  4
4  A  1  Y  30  A  1

Дальнейшее упрощение

Более простое решение, не включающее @senderle cartesian_product, возможно при работе только с двумя DataFrames. Используя np.broadcast_arrays, мы можем достичь почти такого же уровня производительности.

def cartesian_product_simplified(left, right):
    la, lb = len(left), len(right)
    ia2, ib2 = np.broadcast_arrays(*np.ogrid[:la,:lb])

    return pd.DataFrame(
        np.column_stack([left.values[ia2.ravel()], right.values[ib2.ravel()]]))

np.array_equal(cartesian_product_simplified(left, right),
               cartesian_product_basic(left2, right2))
True

Сравнение производительности

Сравнивая эти решения на некоторых надуманных фреймах данных с уникальными индексами, мы имеем

enter image description here

Обратите внимание, что сроки могут варьироваться в зависимости от вашей настройки, данных и выбора вспомогательной функции cartesian_product зависимости от ситуации.

Код производительности производительности
Это временный скрипт. Все функции, вызываемые здесь, определены выше.

from timeit import timeit
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

res = pd.DataFrame(
       index=['cartesian_product_basic', 'cartesian_product_generalized', 
              'cartesian_product_multi', 'cartesian_product_simplified'],
       columns=[1, 10, 50, 100, 200, 300, 400, 500, 600, 800, 1000, 2000],
       dtype=float
)

for f in res.index: 
    for c in res.columns:
        # print(f,c)
        left2 = pd.concat([left] * c, ignore_index=True)
        right2 = pd.concat([right] * c, ignore_index=True)
        stmt = '{}(left2, right2)'.format(f)
        setp = 'from __main__ import left2, right2, {}'.format(f)
        res.at[f, c] = timeit(stmt, setp, number=5)

ax = res.div(res.min()).T.plot(loglog=True) 
ax.set_xlabel("N"); 
ax.set_ylabel("time (relative)");

plt.show()

Ответ 2

Использование product itertools и воссоздание значения в датафрейме

import itertools
l=list(itertools.product(left.values.tolist(),right.values.tolist()))
pd.DataFrame(list(map(lambda x : sum(x,[]),l)))
   0  1  2   3
0  A  1  X  20
1  A  1  Y  30
2  A  1  Z  50
3  B  2  X  20
4  B  2  Y  30
5  B  2  Z  50
6  C  3  X  20
7  C  3  Y  30
8  C  3  Z  50

Ответ 3

Здесь подход с тройным concat

m = pd.concat([pd.concat([left]*len(right)).sort_index().reset_index(drop=True),
       pd.concat([right]*len(left)).reset_index(drop=True) ], 1)

    col1  col2 col1  col2
0     A     1    X    20
1     A     1    Y    30
2     A     1    Z    50
3     B     2    X    20
4     B     2    Y    30
5     B     2    Z    50
6     C     3    X    20
7     C     3    Y    30
8     C     3    Z    50

enter image description here