Ответ 1
Вы можете сохранить папку ".metadata" в своей рабочей области.
Эта папка содержит ваши настройки, просто восстановите ее после переустановки и сделанного вами.
В папке ".metadata" могут быть указаны конкретные параметры проектов/плагинов, настройки "основного" затмения: ".metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings"
Параметры ядра могут быть экспортированы с помощью "Файл → Экспорт → Настройки", как сказал Csaba_H.