Ответ 1
Многие системы сборки добавляют автоматически обнаруженные зависимости make в файл .d. В частности, для исходных файлов C/С++ они определяют, какие файлы #include требуются, и автоматически генерируют эту информацию в файл .d.
Файлы .d затем включаются в make файл, поэтому make знает об этой информации. Если вы посмотрите на содержимое этих файлов, они будут делать предварительные утверждения, например:
foo.o : foo.h bar.h biz.h
и др.