Может ли dplyr суммировать несколько переменных без перечисления каждого из них?
dplyr удивительно быстрый, но мне интересно, не хватает ли я чего-то: возможно ли это обобщение по нескольким переменным. Например:
library(dplyr)
library(reshape2)
(df=dput(structure(list(sex = structure(c(1L, 1L, 2L, 2L), .Label = c("boy",
"girl"), class = "factor"), age = c(52L, 58L, 40L, 62L), bmi = c(25L,
23L, 30L, 26L), chol = c(187L, 220L, 190L, 204L)), .Names = c("sex",
"age", "bmi", "chol"), row.names = c(NA, -4L), class = "data.frame")))
sex age bmi chol
1 boy 52 25 187
2 boy 58 23 220
3 girl 40 30 190
4 girl 62 26 204
dg=group_by(df,sex)
С помощью этого небольшого блока данных легко написать
summarise(dg,mean(age),mean(bmi),mean(chol))
И я знаю, что, чтобы получить то, что хочу, я мог расплавиться, получить средства, а затем dcast, например
dm=melt(df, id.var='sex')
dmg=group_by(dm, sex, variable);
x=summarise(dmg, means=mean(value))
dcast(x, sex~variable)
Но что, если у меня есть > 20 переменных и очень большое количество строк. Есть ли что-то похожее на .SD в data.table, что позволило бы мне использовать средства всех переменных в сгруппированном кадре данных? Или, возможно ли как-то использовать привязку к сгруппированному кадру данных?
Спасибо за любую помощь
Ответы
Ответ 1
Идиома data.table
lapply(.SD, mean)
, которая
DT <- data.table(df)
DT[, lapply(.SD, mean), by = sex]
# sex age bmi chol
# 1: boy 55 24 203.5
# 2: girl 51 28 197.0
Я не уверен в идиоме dplyr
для того же, но вы можете сделать что-то вроде
dg <- group_by(df, sex)
# the names of the columns you want to summarize
cols <- names(dg)[-1]
# the dots component of your call to summarise
dots <- sapply(cols ,function(x) substitute(mean(x), list(x=as.name(x))))
do.call(summarise, c(list(.data=dg), dots))
# Source: local data frame [2 x 4]
# sex age bmi chol
# 1 boy 55 24 203.5
# 2 girl 51 28 197.0
Обратите внимание, что существует проблема github # 178 для эффективного внедрения plyr
idiom colwise
в dplyr
.
Ответ 2
dplyr
теперь имеет summarise_each
:
df %>%
group_by(sex) %>%
summarise_each(funs(mean))