Ответ 1
RandomForest в 0.15.2 не поддерживает разреженные входы.
Обновите sklearn и повторите попытку... надеюсь, это позволит нескольким копиям, которые в конечном итоге будут потреблять меньше памяти. (и ускорить работу)
Я сделал некоторые странные наблюдения о том, что мои GridSearches продолжают терпеть неудачу через пару часов, и я изначально не мог понять, почему. Затем я отслеживал использование памяти, но со временем увидел, что он начался с нескольких гигабайт (~ 6 Гб) и продолжал расти, пока он не разбил node, когда достиг максимального значения. 128 Гб, которое может принять оборудование. Я экспериментировал со случайными лесами для классификации большого количества текстовых документов. Для простоты - выяснить, что происходит - я вернулся к наивным Байесам.
Используемые версии
Я нашел некоторую связанную дискуссию по списку scikit-issue на GitHub по этой теме: https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/issues/565 и https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/pull/770
И похоже, что он уже был успешно рассмотрен!
Итак, соответствующий код, который я использую,
grid_search = GridSearchCV(pipeline,
parameters,
n_jobs=1, #
cv=5,
scoring='roc_auc',
verbose=2,
pre_dispatch='2*n_jobs',
refit=False) # tried both True and False
grid_search.fit(X_train, y_train)
print('Best score: {0}'.format(grid_search.best_score_))
print('Best parameters set:')
Просто из любопытства я позже решил сделать поиск сетки быстрым и грязным способом через вложенный цикл
for p1 in parameterset1:
for p2 in parameterset2:
...
pipeline = Pipeline([
('vec', CountVectorizer(
binary=True,
tokenizer=params_dict[i][0][0],
max_df=params_dict[i][0][1],
max_features=params_dict[i][0][2],
stop_words=params_dict[i][0][3],
ngram_range=params_dict[i][0][4],)),
('tfidf', TfidfTransformer(
norm=params_dict[i][0][5],
use_idf=params_dict[i][0][6],
sublinear_tf=params_dict[i][0][7],)),
('clf', MultinomialNB())])
scores = cross_validation.cross_val_score(
estimator=pipeline,
X=X_train,
y=y_train,
cv=5,
scoring='roc_auc',
n_jobs=1)
params_dict[i][1] = '%s,%0.4f,%0.4f' % (params_dict[i][1], scores.mean(), scores.std())
sys.stdout.write(params_dict[i][1] + '\n')
Пока все хорошо. Выполняется поиск сетки и записывает результаты в stdout. Однако через некоторое время он снова превысит объем памяти 128 Гб. Такая же проблема, как с GridSearch в scikit. После некоторых экспериментов я наконец узнал, что
gc.collect()
len(gc.get_objects()) # particularly this part!
в цикле for решает проблему, и использование памяти постоянно остается на уровне 6.5 Гб в течение времени ~ 10 часов.
В конце концов, я получил его для работы с вышеупомянутым исправлением, однако мне любопытно услышать ваши идеи о том, что может вызвать эту проблему, ваши советы и предложения!
RandomForest в 0.15.2 не поддерживает разреженные входы.
Обновите sklearn и повторите попытку... надеюсь, это позволит нескольким копиям, которые в конечном итоге будут потреблять меньше памяти. (и ускорить работу)
Я не вижу ваш точный код, но сегодня я столкнулся с подобной проблемой. Это стоит попробовать. Подобный всплеск памяти может случиться, когда мы копируем значения из изменяемого массива или списка, например объекта, в другую переменную, создающую копию исходного, а затем мы модифицируем новый массив или список с добавлением или чем-то похожим, увеличивая размер он одновременно увеличивает исходный объект в фоновом режиме.
Итак, это экспоненциальный процесс, поэтому через некоторое время мы потеряли память. Я был в состоянии и, возможно, вы можете избежать такого рода явления при deepcopy()
исходном объекте при передаче значения.
У меня была аналогичная проблема, я взорвал память с помощью аналогичного процесса, затем мне удалось сохранить нагрузку на 10%.
UPDATE: Теперь я вижу фрагмент кода с pandas DataFrame. Это может быть проблема с оценкой.
Я не знаком с GridSearch sir, но я бы предложил, когда память и огромные списки - проблема, напишите небольшой пользовательский генератор. Его можно использовать повторно для всех ваших предметов, просто используйте тот, который принимает любой список. Если внедрение за пределами нижнего решения здесь сначала прочитайте эту статью, я бы нашел лучшую генераторную статью. Я набрал все это и пошел по частям, любые вопросы, которые у вас есть после прочтения, я тоже могу попробовать.
https://www.jeffknupp.com/blog/2013/04/07/improve-your-python-yield-and-generators-explained/
Не нужно:
for p1 in parameterset1:
Try
def listerator(this_list):
i = 0
while True:
yield this_list[i]
i += 1
Слово "yield" (в любом месте объявления) делает это генератором, а не регулярной функцией. Это пробегает и говорит, что я равно 0, а True я должен делать что-то, они хотят, чтобы я уступил this_list [0], здесь вы пойдете, я буду ждать вас в i += 1
, если вам понадобится снова. В следующий раз, когда он вызывается, он выбирает и делает i += 1
, и отмечает, что он все еще находится в цикле while и дает this_list [1], и записывает свое местоположение (i += 1
снова... он будет ждать там до вызова снова). Обратите внимание, как только я подаю его список и создаю генератор (здесь), он исчерпает ваш список.
In [141]: x = listerator([1,2,3])
In [142]: next(x)
Out[142]: 1
In [143]: next(x)
Out[143]: 2
In [144]: next(x)
Out[144]: 3
In [148]: next(x)
---------------------------------------------------------------------------
IndexError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-148-5e4e57af3a97> in <module>()
----> 1 next(x)
<ipython-input-139-ed3d6d61a17c> in listerator(this_list)
2 i = 0
3 while True:
----> 4 yield this_list[i]
5 i += 1
6
IndexError: list index out of range
Посмотрим, можем ли мы использовать его в для:
In [221]: for val in listerator([1,2,3,4]):
.....: print val
.....:
1
2
3
4
---------------------------------------------------------------------------
IndexError Traceback (most recent call last)
<ipython-input-221-fa4f59138165> in <module>()
----> 1 for val in listerator([1,2,3,4]):
2 print val
3
<ipython-input-220-263fba1d810b> in listerator(this_list, seed)
2 i = seed or 0
3 while True:
----> 4 yield this_list[i]
5 i += 1
IndexError: list index out of range
Неа. Попробуем обработать это:
def listerator(this_list):
i = 0
while True:
try:
yield this_list[i]
except IndexError:
break
i += 1
In [223]: for val in listerator([1,2,3,4]):
print val
.....:
1
2
3
4
Это работает. Теперь он не будет слепо пытаться вернуть элемент списка, даже если его там нет. Из того, что вы сказали, я могу почти гарантировать, что вам нужно будет засеять его (забрать с определенного места или начать только с определенного места):
def listerator(this_list, seed=None):
i = seed or 0
while True:
try:
yield this_list[i]
except IndexError:
break
i += 1
In [150]: l = [1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15]
In [151]: x = listerator(l, 8)
In [152]: next(x)
Out[152]: 9
In [153]: next(x)
Out[153]: 10
In [154]: next(x)
Out[154]: 11
i = seed or 0
- это вещь, которая ищет семя, но значение по умолчанию по умолчанию равно None, поэтому обычно начинается только с логического места, 0, начало списка
Как вы можете использовать этот зверь, не используя (почти) любую память?
parameterset1 = [1,2,3,4]
parameterset2 = ['a','b','c','d']
In [224]: for p1 in listerator(parameterset1):
for p2 in listerator(parameterset2):
print p1, p2
.....:
1 a
1 b
1 c
1 d
2 a
2 b
2 c
2 d
3 a
3 b
3 c
3 d
4 a
4 b
4 c
4 d
который выглядит знакомым, да? Теперь вы можете обрабатывать триллион значений один за другим, выбирать важные для записи на диск и никогда не взорвать свою систему. Наслаждайтесь!