Ответ 1
Сделайте configure --help и узнайте, какие другие варианты доступны.
Очень часто существуют различные варианты переопределения различных местоположений. По стандарту --prefix переопределяет все из них, поэтому вам нужно переопределить местоположение конфигурации после указания префикса. Этот курс действий обычно работает для каждого проекта, основанного на автомеханике.
В худшем случае вам нужно изменить конфигурационные файлы script или, что еще хуже, созданные файлы makefile и config.h. Но да, для Xfce вы можете попробовать что-то вроде этого:
./configure --prefix=/home/me/somefolder/mybuild/output/target --sysconfdir=/etc
Я считаю, что это должно сделать.