Ответ 1
Это правда, что binary: logistic является целью по умолчанию для XGBClassifier, но я не вижу никакой причины, по которой вы не могли бы использовать другие цели, предлагаемые пакетом XGBoost. Например, в исходном коде sklearn.py вы можете видеть, что multi: softprob явно используется в случае мультикласса.
Более того, если это действительно необходимо, вы можете предоставить пользовательскую целевую функцию (подробности здесь).