Снимок экрана на сайте Atom.io показывает, что в редакторе есть вертикальные линии, которые показывают, сколько строк "вложено". Интересно, является ли это дополнительным пакетом или его можно включить в атоме по умолчанию. 
Откройте панель настроек, как правило, выбрав опцию " Preferences в меню " Edit. Внутри выберите подменю Editor. В разделе " Invisibles " выберите опцию " Show Indent Guide. Маркеры отступов вертикальной линии будут отображаться для вас, как на изображении.
Если вы хотите дополнительно настроить вертикальную линию мягкой обертки…
Настройки и настройки → Редактор → Предпочтительная длина строки (или через файл настроек).
Немного по-другому в Windows версии v1.40.1
Настройки> Редактор> Показать руководство по отступам
На атомной версии 1.40.1 (Windows), Перейти к File → Settings → <>Editor → []Show Indent Guide