Как загрузить пакеты в R автоматически?

Не могли бы вы предложить мне способ загрузки пакетов в R автоматически? Я хочу сказать, что я хочу начать сеанс в R без необходимости использовать library('package name') несколько раз. Предположим, что я загрузил все пакеты, которые захочу использовать при следующем запуске R.

Ответы

Ответ 1

Поместите library(foo) в ваш файл .Rprofile или установите R_DEFAULT_PACKAGES: см. ?Rprofile...

В частности (поскольку ?Rprofile длинный и потенциально запугивающий):

Если вам нужен другой набор пакетов, чем по умолчанию, когда вы запустите, добавьте вызов "options" в .Rprofile или Файл Rprofile.site. Например, "options (defaultPackages = character()) не добавит никаких дополнительных пакетов при запуске (только" Базовый пакет "(или установите" R_DEFAULT_PACKAGES = NULL в качестве среды "переменная перед запуском R). Использование 'options (defaultPackages =" ") или 'R_DEFAULT_PACKAGES =" " применяет систему R по умолчанию.

Так как вы, вероятно, хотите, чтобы все загруженные по умолчанию пакеты были загружены, а затем добавлены дополнительные (а не, скажем, не загружать некоторые пакеты по умолчанию), вы можете поместить

library("mypackage1")
library("mypackage2")
[etc.]

или используя options(defaultPackages=...):

options(defaultPackages=c(getOption("defaultPackages"),
       "mypackage1","mypackage2", ... [etc.]))

в .Rprofile, чтобы добавить нужные пакеты к стандартным значениям по умолчанию.

изменить (скопировано из комментария), чтобы заставить это работать в Rstudio: http://rstudio.org/docs/using/workspaces предполагает, что Rstudio выполняет .Rprofile, а затем "Выполняет другие действия, описанные в R Startup [ http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/Startup.html]" (что совпадает с ?Rprofile). Это двусмысленно, смотрит ли он на Rprofile.site или нет.

изменить # 2: в соответствии с приведенным ниже комментарием он работает с последней версией Rstudio.

Ответ 2

Существует файл с именем .Rprofile, который представляет собой не что иное, как script, который запускается каждый раз, когда вы начинаете новый сеанс R.

Что вам нужно сделать, это добавить library(package) к нему. Если вы используете Unix, возможно, это будет в вашей домашней папке в виде скрытого файла.

Ответ 3

Страница Quick-R при настройке запуска R содержит в основном ту же информацию, что и ответы Бена и Жоао, но это, возможно, немного яснее. Создайте копию файла Rprofile.site с необходимыми изменениями в вашей домашней папке (документы в Windows) и вызовите ее .Rprofile

EDIT: Я заметил, что R 3.0.0 больше не выглядит из папки "Документы", но использует домашнюю директорию пользователя (имя пользователя) под Windows 7. Это может быть проблема установки, хотя ( т.е. я случайно установил R "неправильно" ). Тем не менее, страница Quick-R, связанная в этом ответе, говорит правильный способ сделать это. Если кто-то еще сталкивается с этой проблемой, решение должно скопировать .Rprofile в домашний каталог пользователя.