Ответ 1
Команда, которую вы ищете, vacuum. Существует также pragma, чтобы включить автоматическое вакуумирование.
Из документации:
Когда объект (таблица, индекс, триггер, или представление) удаляется из базы данных, он оставляет пустое пространство. Эта пустое пространство будет использовано повторно добавляется новая информация о времени база данных. Но в то же время файл базы данных может быть больше, чем строго необходимо. Кроме того, частые вставки, обновления и удаления вызвать информацию в базе данных стать фрагментированным - сгладить все в файле базы данных чем сгруппированы вместе в одном месте.
Команда VACUUM очищает основной путем копирования его содержимого в временный файл базы данных и перезагрузка исходный файл базы данных из копия. Это устраняет бесплатные страницы, выравнивает данные таблицы, чтобы быть смежным, и в противном случае очищает базу данных файловой структуры.