Объект не обнаружил ошибку с ddply внутри функции

Это действительно оспаривало мою способность отлаживать R-код.

Я хочу использовать ddply() для применения тех же функций к различным столбцам, которые последовательно называются; например. a, b, c. Для этого я намерен повторно передать имя столбца в виде строки и использовать eval(parse(text=ColName)), чтобы позволить функции ссылаться на нее. Я схватил эту технику из другого ответа.

И это хорошо работает, пока я не поставлю ddply() внутри другой функции. Вот пример кода:

# Required packages:
library(plyr)

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

a = c(1,2,3,4)
b = c(0,0,1,1)
c = c(5,6,7,8)
df = data.frame(a,b,c)
sv = c("b")

#This works.
ColName = "a"
ddply(df, sv, summarize,
        Ave = mean(eval(parse(text=ColName)), na.rm=TRUE)
)

#This doesn't work
#Produces error: "Error in parse(text = NewColName) : object 'NewColName' not found"
myFunction(df,sv)

#Output in both cases should be
#  b Ave
#1 0 1.5
#2 1 3.5

Любые идеи? NewColName определено внутри функции!

Я думал, что ответ на этот вопрос, loops-to-create-new-variables-in-ddply, может помочь мне, но я сделал достаточно головокружительных на сегодняшний день, и мне пора поднять руку и обратитесь за помощью.

Ответы

Ответ 1

Вы можете сделать это с помощью комбинации do.call и call для построения вызова в среде, где NewColName все еще отображается:

myFunction <- function(x,y){
NewColName <- "a"
z <- do.call("ddply",list(x, y, summarize, Ave = call("mean",as.symbol(NewColName),na.rm=TRUE)))
return(z)
}

myFunction(d.f,sv)
  b Ave
1 0 1.5
2 1 3.5

Ответ 2

Сегодня решение этого вопроса состоит в том, чтобы сделать summarize в here(summarize). например.

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = ddply(x, y, here(summarize),
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

here(f), добавленный в plyr в декабре 2012 года, фиксирует текущий контекст.

Ответ 3

Иногда я сталкиваюсь с такими проблемами при объединении ddply с summarize или transform или что-то еще, и, не будучи достаточно умным, чтобы угадывать все возможности навигации по различным средам, я склоняюсь к тому, чтобы просто не используя summarize и вместо этого используя мою собственную анонимную функцию:

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <- "a"
    z <- ddply(x, y, .fun = function(xx,col){
                             c(Ave = mean(xx[,col],na.rm=TRUE))}, 
               NewColName)
    return(z)
}

myFunction(df,sv)

Очевидно, что затраты на этот материал "вручную", но часто избегают головной боли, связанной с проблемами оценки, возникающими при объединении ddply и summarize. Это не означает, конечно, что Хэдли не появится с решением...

Ответ 4

Проблема заключается в коде самого пакета plyr. В функции суммирования есть строка eval(substitute(...),.data,parent.frame()). Хорошо известно, что parent.frame() может делать довольно забавные и неожиданные вещи. Т

его решение @James - очень приятное обходное решение, , но если я помню, как правильно сказал сам Хэдли, пакет plyr не предназначался для использования в функциях.

Извините, я ошибся здесь. Известно, что на данный момент пакет plyr дает проблемы в этих ситуациях.

Следовательно, я даю вам базовое решение проблемы:

myFunction <- function(x, y){
    NewColName = "a"
    z = aggregate(x[NewColName],x[y],mean,na.rm=TRUE)
    return(z)
}
> myFunction(df,sv)
  b   a
1 0 1.5
2 1 3.5

Ответ 5

Похоже, у вас проблема с окружающей средой. Глобальное задание устраняет проблему, но ценой одной души:

library(plyr)

a = c(1,2,3,4)
b = c(0,0,1,1)
c = c(5,6,7,8)
d.f = data.frame(a,b,c)
sv = c("b")

ColName = "a"
ddply(d.f, sv, summarize,
        Ave = mean(eval(parse(text=ColName)), na.rm=TRUE)
)

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <<- "a"
    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

myFunction(x=d.f,y=sv)

eval смотрит в parent.frame(1). Поэтому, если вы вместо этого определяете NewColName вне MyFunction, он должен работать:

rm(NewColName)
NewColName <- "a"
myFunction <- function(x, y){

    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean(eval(parse(text=NewColName)), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}
myFunction(x=d.f,y=sv)

Используя get, чтобы вытащить my.parse из более ранней среды, мы можем приблизиться гораздо ближе, но все равно нужно передать curenv как глобальный:

myFunction <- function(x, y){
    NewColName <- "a"
    my.parse <- parse(text=NewColName)
    print(my.parse)
    curenv <<- environment()
    print(curenv)

    z = ddply(x, y, summarize,
            Ave = mean( eval( get("my.parse" , envir=curenv ) ), na.rm=TRUE)
    )
    return(z)
}

> myFunction(x=d.f,y=sv)
expression(a)
<environment: 0x0275a9b4>
  b Ave
1 0 1.5
2 1 3.5

Я подозреваю, что ddply уже оценивается в .GlobalEnv, поэтому все стратегии parent.frame() и sys.frame(), которые я пробовал, не удались.