Ответ 1
Я думаю, что это может быть известная ошибка.
SSMS 2016 - пользовательская папка фрагмента кода SQL исчезает после перезапуска SSMS
Я создал несколько фрагментов кода SQL, я импортировал их в SSMS 2016 в папке "Мои кодовые фрагменты". Это прекрасно работает.
Теперь я организовал фрагменты в папки. Затем я успешно добавил дерево папок в Менеджер фрагментов кода: 
и он также доступен в меню Ctrl + K, Ctrl + X:
Однако, как только я перезапущу SSMS 2016, эта папка больше не указана. (Ни в Менеджере фрагментов кода, ни в меню вставки)
В то время как фрагменты, добавленные в мои фрагменты кода, все еще существуют, включая структуру пользовательских папок.
Это всего лишь небольшое неудобство проходить через папку "My Code Snippets" каждый раз, но мне интересно, что все работает до перезапуска приложения.
PS Так же, как я боролся с запуском кода, я хочу поделиться этой информацией здесь. Менеджер фрагмента кода будет импортировать также фрагменты кода с неправильным типом в теге. Таким образом, фрагмент затем отображается в менеджере фрагментов, но не будет отображаться в контекстном меню Ctrl + K, Ctrl + X. Мне потребовалось некоторое время, чтобы понять это.
Ответы
Ответ 2
Вот работа, которую я использую. Это работает довольно хорошо, но вы должны перемешивать файлы каждый раз, когда устанавливаете или обновляете SSMS.
Большинство фрагментов "как установлено" хранятся в этой папке: C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\140\Tools\Binn\ManagementStudio\SQL\Snippets\1033. Единственными фрагментами, не находящимися в этой папке, являются "Мои фрагменты кода", которые находятся в C:\Users [имя пользователя]\Documents\Visual Studio 2015\Code Snippets\SQL\My Code Snippets.
Переместите все подпапки C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\140\Tools\Binn\ManagementStudio\SQL\Snippets\1033 в новую подпапку. Вы можете назвать это "Microsoft" или "Как установлено".
Перезапуская SSMS, вы заметите, что все те, что были установлены, теперь исчезли
После удаления всех фрагментов "как установлено" SSMS теперь будет отображать только фрагменты из папки My Code Snippets. SSMS даже не показывает обычную подпапку "Мои фрагменты кода".
Ответ 3
Для тех, кто все еще борется с этим, кто-то с тегом Microsoft SQL Server (менеджер по продукту, Microsoft Azure) разместил на feedback.azure.com 5/5/2019, что эта ошибка исправлена в SSMS 18. У меня нет SSMS 18 пока, но я уверен, что надеюсь, что это исправлено, поскольку это было болью в течение очень долгого времени.