Ответ 1
Да, есть несколько решений. Один из них - запустить оператор SQL SCRIPT:
SCRIPT TO 'fileName'
Другой способ - использовать инструмент Сценарий:
java org.h2.tools.Script -url <url> -user <user> -password <password>
Кроме того, есть оператор RUNSCRIPT и инструмент RunScript.
Кстати, вы должны рассмотреть возможность обновления до более поздней версии H2. В более новых версиях два файла .data.db и .index.db объединяются в файл .h2.db.