Ответ 1
Установщик .NET 4.0 не включает .NET framework 3.5. Существует некоторая информация по этому вопросу в MSDN:
.NET Framework 4 очень совместим с приложениями, которые создаются с более ранними версиями .NET Framework, за исключением некоторых изменений, которые были сделаны для повышения безопасности, соответствия стандартов, правильности, надежности и производительности.
.NET Framework 4 автоматически не использует свою версию среды общего языка для запуска приложений, созданных с более ранними версиями .NET Framework. Чтобы запускать старые приложения с .NET Framework 4, вы должны скомпилировать свое приложение с целевой версией .NET Framework, указанной в свойствах вашего проекта в Visual Studio, или вы можете указать поддерживаемое время выполнения с помощью
<supportedRuntime>
Элемент в файле конфигурации приложения.
Вы можете установить .NET 3.5 и .NET 4.0 вместе друг с другом. Visual Studio 2010 также включает улучшенную поддержку таргетинга на .NET 3.5. Блог ScottGu об этом подробнее рассказывает.