Ответ 1
Слишком расширенный ответ на Blakes Seven, все update по методу просто устанавливают для параметра multi значение false, как показано здесь (github).
И, в свою очередь, весь метод updateMany задает multi опиум true, как показано здесь (github).
Таким образом, нет "лучшего" метода для вызова, просто выберите то, что вы считаете подходящим для ситуации.