Python и 16 бит Tiff

Как преобразовать и сохранить 16-битный одноканальный TIF в Python?

Я могу загружать 16 и 32-битное изображение без проблем и видеть, что 32-битное изображение - это режим F, а 16-битное изображение - это режим I;16S:

import Image
i32 = Image.open('32.tif')
i16 = Image.open('16.tif')
i32
# <TiffImagePlugin.TiffImageFile image mode=F size=2000x1600 at 0x1098E5518>
i16
# <TiffImagePlugin.TiffImageFile image mode=I;16S size=2000x1600 at 0x1098B6DD0>

Но у меня возникают проблемы с работой с 16-битным изображением. Если я хочу сохранить как PNG, я не могу сделать это напрямую:

i32.save('foo.png')
# IOError: cannot write mode F as PNG
i16.save('foo.png')
# ValueError: unrecognized mode

Если я преобразую 32-битное изображение, я могу его сохранить:

i32.convert('L').save('foo.png')

Но одна и та же команда не будет работать с 16-битным изображением:

i16.convert('L').save('foo.png')
# ValueError: unrecognized mode

Ответы

Ответ 1

Для преобразования без потерь из 16-битного оттенка серого TIFF в PNG используйте PythonMagick:

from PythonMagick import Image
Image('pinei_2002300_1525_modis_ch02.tif').write("foo.png")

Ответ 2

Наткнулся на этот поток, пытаясь сохранить 16-битные TIFF-изображения с PIL/numpy.

Версии: python 2.7.1 - numpy 1.6.1 - PIL 1.1.7

Вот быстрый тест, который я написал. uint16 numpy array → преобразован в строку → преобразован в образ PIL типа 'I; 16' → сохранен как 16-битный TIFF.

Открытие изображения в ImageJ показывает правую горизонтальную диаграмму градиента, а тип изображения - "Биты на пиксель: 16 (без знака)" 

import Image
import numpy

data = numpy.zeros((1024,1024),numpy.uint16)

h,w = data.shape

for i in range(h):
    data[i,:] = numpy.arange(w)

im = Image.fromstring('I;16',(w,h),data.tostring())
im.save('test_16bit.tif')

изменить: Начиная с версии 1.1.7, PIL не поддерживает запись сжатых файлов, но pylibtiff делает (сжатие lzw). Таким образом, тестовый код становится (тестируется с помощью pylibtiff 0.3):

import Image
import numpy
from libtiff import TIFFimage

data = numpy.zeros((1024,1024),numpy.uint16)

h,w = data.shape

for i in range(w):
    data[:,i] = numpy.arange(h)

tiff = TIFFimage(data, description='')
tiff.write_file('test_16bit.tif', compression='lzw')
#flush the file to disk:
del tiff

Обратите внимание: изменился тестовый код, чтобы создать вертикальный градиент, иначе сжатие не достигнуто (см. предупреждение: pylibtiff в настоящее время поддерживает чтение и запись изображений, которые хранятся с использованием TIFF-полос).

Ответ 3

Похоже, вы наткнулись на ошибку PIL или на недопустимый угловой случай.

Здесь обходной путь:

i16.mode = 'I'
i16.point(lambda i:i*(1./256)).convert('L').save('foo.png')

Ответ 4

Преобразование ImageJ TIFF в JPEG с PIL 4.1 +

im = numpy.array(Image.open('my.tiff'))
image = Image.fromarray(im / numpy.amax(im) * 255)
image.save('my.jpg')