Ответ 1
Если у вас небольшое количество пар ключ/значение и значения невелики, реестр очень велик - и вам не нужно развертывать xcopy, а затем использовать реестр (я знаю, что это не точно, но это обычно очевидно, когда работа с реестром становится болью).
Если вы хотите xcopy-развертывание, данные должны быть в той же папке, что и программа, но программа может находиться где-то в папке AppData, она не должна находиться под "программными файлами".
Используйте изолированное хранилище только тогда, когда оно вам нужно или ему нужно его использовать - например, ClickOnce.
В противном случае используйте AppData\Roaming, используйте Local или LocalLow, только если у вас есть веская причина.
EDIT: вот разница между Roaming, Local и LocalLow:
Windows имеет малоизвестную функцию, называемую "перемещаемые профили", общая идея заключается в том, что в корпоративной среде с этой функцией каждый пользователь может использовать любой компьютер.
Когда пользователь регистрируется в своих личных настройках, загружается с сервера, и когда он выходит из системы, его настройки загружаются обратно на сервер (фактический процесс более сложный, очевидно).
Файлы в папке "Роуминг" пользователя в Vista или "Данные приложения" в XP перемещаются вместе с пользователем - поэтому любые настройки и данные должны храниться там.
Файлы под "Local" и "LocalLow" в Vista и "Локальные настройки" в XP нет, поэтому это хорошее место для файлов temp, вещей, привязанных к конкретному компьютеру или данных, которые могут быть пересчитаны.
В Vista, как часть новых функций безопасности, которые все мы знаем и любим, вы можете иметь программы, работающие в режиме "низкой целостности" (например, IE в защищенном режиме), эти программы работают со сниженными привилегиями и не могут доступ к файлам в профиле пользователя - за исключением файлов в папке "LocalLow" .
Итак, в заключение, файлы, хранящиеся в "LocalLow" , по своей сути небезопасны, и файлы в "Локальных" / "Локальных настройках", вероятно, недоступны в некоторых крупных компаниях, поэтому, если у вас нет веских оснований и точно знать, что вы выполните "Роуминг" / "Данные приложения".