Ответ 1
Использовать system():
#include <stdlib.h>
int status = system("gzip foo");
См. Справочную страницу (man 3 system) для получения более подробной информации о том, как ее использовать.
Кстати, у этого вопроса уже есть ответ здесь: Как выполнить внешнюю программу в C-коде в Linux с аргументами?